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Depuis 2010, la Fondation Pasteur Suisse soutient des projets innovants :
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Un projet sur le paludisme, mené en collaboration par le Swiss Tropical and Public Health Institute à Bâle (Prof. Till Voss) et l’Institut Pasteur à Paris (Prof. Artur Scherf).
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Un programme de bourses pour doctorant d’université suisse, souhaitant passer une partie de leur doctorat à l’Institut Pasteur.
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Un projet microbes et cerveau portant sur des applications médicales majeures, dont la connaissance du microbiote, son impact sur le cerveau et le comportement.
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Le programme Afribiota mené pour l’Institut Pasteur par la chercheuse suisse, le Dr. Pascale Vonaesch, afin de lutter contre la malnutrition infantile chronique en Afrique.
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Des projets d’urgence pour faire face à des épidémies telles qu’Ébola, Zika et la Covid-19.​
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